Den Innenraum der Johanneskirche erhellen insgesamt 13 große, farbige, bleiverglaste und formgleiche Fenster. Hinzu kommen 27 kleine, zur Zeit zugemauerte Fenster unterhalb der Empore und in der Apsis.

Die großen Fenster bestehen aus jeweils einem zweibahnigen Rundbogenfenster (Biforien) mit darüber liegendem Rundfenster (Okulus). Die Gesamtfläche je Fenster beträgt ca. 8 qm.

Die Glasmalereien der bildlich motivierten Kirchenfenster bestehen aus eingebrannter Schwarzlotmalerei auf Überfanggläsern und farbigem Antikglas.

Die Glasmalerei der Fenster wurde in höchster Qualität und Feinheit gegen Ende des 19. Jahrhunderts, vor der Einweihung der Johanneskirche am 10.11.1893, von der KUNSTANSTALT FÜR GLASMALEREI FREYSTADL ausgeführt, die von 1883 bis 1895 in Hannover ansässig war.
(Über diese Werkstatt fanden wir bis jetzt keine weiteren Informationen in Literatur und Chroniken)

Alle Kirchenfenster der Johanneskirche sind beschädigt, teilweise bis zu 50%.

Notwendig sind u.a.:
- die Anpassung der Glasfehlstellen an den Bestand,
- die Herstellung neuer Bleistege,
- der partielle Ersatz der korrodierten Eisenkonstruktionen (Windeisen),
- die Demontage der provisorischen Schutzgitter.

Je nach Fenster sind hierfür Kosten zwischen 1.100 und 21.000 Euro veranschlagt.

An den fünf Seiten des achtseitig gegliederten Chor- bzw. Altarraumes befinden sich 5 Fenster. Hinzu kommen 7 kleinere Fenster in der Apsis.

Die drei zentralen Chorfenster und die Rosette über dem mittleren zeigen biblische Motive: Christus als Weltenrichter und die Ausgießung des Heiligen Geistes sowie die vier Evangelisten.

Diese figürlichen Motive bilden eine biblische Einheit mit den auf der Chorraumwand dargestellten Medaillonbildern, auf denen die vier großen alttestamentlichen Propheten zu sehen sind. Heute sind die gesamten Wandmalereien durch mehrere Farbschichten verdeckt.

Die beiden äußeren Fenster im Chorraum ziert ein Teppichmuster aus Achtpassmedaillons mit Grisaille-Ornamentik (Gemälde in mehreren Abtönungen einer einzigen Farbe). Die zwei zugehörigen Okuli ziert eine dekorative Ornamentverglasung mit stilisiertem Blattwerk (Wein- und Eichenlaubgrisaille) mit umfassendem doppeltem Band.

Die Bleiverglasung der Biforien ist relativ schlicht gestaltet als Rautenverglasung in Kathedralglas gelb-grün mit zwei Falzstreifen und farbigem Begleitband.

Die darüber liegenden Rosetten sind durch eine Eisenkonstruktion in 17 Felder geteilt und mit einer kleinteiligen bunten Ornamentverglasung (Eichenlaub-Grisaille) mit Medaillonbegleitbändern versehen.

Kleine, ebenfalls zweibahnige Bleiglasfenster unter den Emporen sind derzeit an der Außenfassade zugemauert. Sie haben Reste einer schlichten Rautenverglasung.

Weitere Bleiglasfenster befinden sich an den beiden seitlichen Treppenhaustürmchen an der westlichen Turmseite und in den beiden Türen des Chorumganges.